Über die kirchliche Nutzung der Beller Kirche in den Jahren nach Abschluss der Bauarbeiten(1519) ist wenig bekannt. Fast zeitgleich mit der Fertigstellung begann die Reformation, die sich zwischen 1550 und 1580 auch in Rheinhessen druchsetzte. Ein Indiz ist die „Kirchenkanne“, die im Jahr 1566 gefertigt und an der Beller Kirche gefunden wurde. Aus dem Jahr 1584 kennen wir eine Angabe zu Zinsen und Abgaben im Zusammenhang mit der Beller Kirche, sozusagen ein letztes Lebenszeichen
Eine Karte aus dem Jahr 1774 zeigt dann die „Beller alt Kirch“, im Jahr 1802 führt eine andere Karte die „verfallene Beller Kirch“ an. Gerüchteweise haben „die Schweden“ im 30-jährigen Krieg die Kirche beschädigt. Auch der Pfälzer Erbfolgekrieg hinterließ seine Spuren in der Region. Vermutlich hat die Kirche aber nach der Reformation ihre geistliche Bedeutung verloren und ist im Laufe der Zeit verfallen.
Recht auffällig ist, dass die Ruine wie präpariert wirkt. Die Außenwände stehen „in voller Höhe“ seit mindestens 200 Jahren in der heutigen Form und bezeugen die Nutzung der Ruine. Nur die Steine der Sakristei wurden abgebrochen und zum Hausbau wieder verwendet.
Als Lagerplatz für Feldfrüchte, als Tanzboden beim Beller Markt und sogar als Platz für eine unterirdische Flachs- und Hanfdarre wurde die Ruine vor weiterem Verfall bewahrt. Nach dem Ende des Beller Marktes wurde von der Denkmalpflege ein Gutachten zum Zustand des Bauwerks erstellt, worauf Maßnahmen zur Erhaltung des Gemäuers durchgeführt wurden. Danach blieb die Beller Kirche für lange Jahre wieder sich selbst überlassen.
Seit 1982 wurde die Ruine nach und nach für Veranstaltungen wiederentdeckt. Es folgten einige teilweise aufwändige Sanierungsmaßnahmen, um den Bestand zu sichern. Heute ist die Beller Kirche (wieder) ein beliebter Ort für kulturelle und kirchliche Veranstaltungen – in alten Mauern und unter freiem Himmel.